CLASIFICACIÓN
En el pasado las arqueas fueron clasificadas como bacterias procariotas enmarcadas en el antiguo reino Monera y recibían el nombre de arquebacterias, pero esta clasificación ya no se utiliza. En realidad, las arqueas tienen una historia evolutiva independiente y muestran muchas diferencias en su bioquímica con las otras formas de vida, por lo que fueron clasificadas en un dominio separado dentro del sistema de tres dominios: Archaea, Bacteria y Eukaryota.
Las arqueas son un dominio (y también un reino) que se divide en unos cinco filos reconocidos, pero se están identificando más. De estos grupos, los Crenarchaeota y los Euryarchaeota se estudian con mayor intensidad. La clasificación de las arqueas todavía es difícil, porque la gran mayoría nunca fueron estudiadas en el laboratorio y solo fueron detectadas por análisis de susácidos nucleicos en muestras tomadas del ambiente.
A principios del siglo XX, los procariotas eran considerados un único grupo de organismos y clasificados según su bioquímica, morfología y metabolismo. Por ejemplo, losmicrobiólogos intentaban clasificar los microorganismos según la estructura de su pared celular, su forma, y las sustancias que consumían. Sin embargo, en 1965 se propuso un nuevo sistema, utilizando las secuencias genéticas de estos organismos para averiguar qué procariotas están realmente relacionadas entre sí. Este método, conocido como filogenia molecular, es el principal método utilizado desde entonces.
Las arqueas extremófilas fueron inicialmente detectadas en ambientes extremos, tales como fuentes hidrotermales. (En la fotografía se muestra una vista aérea de la Gran Fuente Prismática, un lago en el Parque Nacional de Yellowstone (EE. UU.). La laguna mide aproximadamente 75 × 91 m.
Las arqueas fueron clasificados por primera vez como un superreino separado de las bacterias en 1977 por Carl Woese y George E. Fox en árboles filogenéticos basados en las secuencias de genes de ARN ribosómico (ARNr). Estos dos grupos fueron originalmente denominados Eubacteria y Archaebacteria, lo que Woese y Fox denominaron "reinos originales". Woese argumentó que este grupo de procariotas es un tipo de vida fundamentalmente distinto.
